経験のある方やSuicaやICOCAをお持ちなら、「いや、普通にできるっしょ！」と思うかもしれないが、いざ出発！となったときに、いつどこで切符買うの？ってなるので、同じ疑問をお持ちの方へそのやり方を書いておきます。
大前提として無計画でOK
まず大前提ですが、無計画に出発しちゃって大丈夫です（笑
JRとしてタダ乗りを推奨しませんので、注意されるまで突き進んでいけば、どこかで清算できますよ（汗
スマートに清算したい…
とはいえ、注意されるのはバツがよろしくないし、せっかくEX-ICだしスマートに行きたい、というのもあるでしょう…
清算タイミングは？
新幹線の降車駅から、在来線へ乗り継ぐ直前です。乗り継ぎ改札の手前に、窓口があるはずです。
在来線の切符を購入し、それを改札へ入れつつEX-ICもタッチして、出てきた切符を受け取れば手続き完了っす！
特定都区市内制度は有効にならないの？
特定都区市内制度とは、東京や品川なら東京都区内の各駅まで、新大阪なら大阪市内の各駅までの運賃が不要になる乗車券ってありますよね？アレのことです。
エクスプレス予約したときは、残念ながらこの制度は適用されませんので、新幹線の降車駅からの切符の購入が正解となります。
特定された地域と中心駅
「札」札幌市内：札幌駅
「仙」仙台市内：仙台駅
「区」東京都区内（「山」東京山手線内）：東京駅
「浜」横浜市内：横浜駅
「名」名古屋市内：名古屋駅
「京」京都市内：京都駅
「阪」大阪市内：大阪駅
「神」神戸市内：神戸駅
「広」広島市内：広島駅
「九」北九州市内：小倉駅
「福」福岡市内：博多駅
特定都区市内制度を使いたい場合は？
エクスプレス予約やスマートEXでは、乗車券は買わずe特急券のみの購入ができる。この機能を使い、乗車券はみどりの窓口や券売機で買うことで特定都区市内制度が使える。
新大阪から品川の場合、乗車券だけ別で買うと¥200ほど割高になる様。大阪市内の駅から都区内の駅まで行く場合や、新大阪から乗って新幹線の降車駅からそれなりの距離を移動するときは、乗車券だけ別に買う方が安上がりになると思われる（私はやった事がないので推測になります）。
スマートな乗り継ぎとは？
結局、在来線の乗り継ぎはスマートさに欠ける気が…
乗車券を合わせて買うにせよ、別で買うにせよ、切符購入のプロセスは必要で、結局EX-ICのサクサク感がスポイルされるのが残念でならない…
スマートな現実解？
今のところ、交通系IC（Suica、ICOCA、PiTaPaなど）を併用するのが、最もスマートな現実解かと思われる。ただし、（Suicaは知らんが）ICOCAは事前チャージが要るし、PiTaPaも関西以外では事前チャージが要るし、それって結局スマートじゃなくなくない！？
理想のスマートさについて
理想は、EX-ICで在来線の清算ができる、しかもポストペイで、って事でしょう。
そして、JR以外の私鉄でもEX-ICが使えるなら最強！
また、乗降駅により特定都区市内制度がお得なら自動で適用する、というようなスマートさも欲しい所。
まとめ
エクスプレス予約は、ガラケー時代からサービスを開始しており、その先見性はとても素晴らしい。
スマートEXのシームレスな改札処理も、エクスプレス予約の先見性にさらに磨きをかける素晴らしいサービスだとも思う。
それゆえに、在来線の乗り継ぎが旧態依然で改善が進まない現状は、かなり歯がゆい。
全国のJRの駅の網羅が大変なのは分かる。無人駅も無数に存在するだろうし…。ただ、特定の都市だけでもチケットレス改札を実現してくれるだけで、多くの人の移動がスマートになるように思う。
単純な話では無いことは十分理解できるが、次の未来の一手として、在来線にもチケットレスの波を起こしてほしい！